Con 17 años, el Muñeco jugó su primer partido oficial con la camiseta del Millonario ante Olimpia por la Copa Libertadores.
El 26 de marzo de 1993 Marcelo Gallardo hizo su debut con la camiseta de River en Primera División. Fue en el triunfo por 1-0 ante Olimpia por la última fecha de la Fase de Grupos de la Copa Libertadores, certamen en el que el Millonario había quedado eliminado y se despidió con un triunfo por el gol de Pablo Lavallén.
Con apenas 17 años y la camiseta número 10, el Muñeco tuvo su bautismo en el primer equipo del conjunto de Núñez tras la decisión del entrenador Daniel Passarella de incluir un equipo alternativo que formó con: Adolfo Zeoli; Hernán Díaz (Leonardo Astrada), Fernando Cáceres, Guillermo Rivarola, Pablo Lavallén; Julio Toresani, Matías Almeyda, Ornaldo Claut, Jorge Vázquez (Ariel Ortega); Marcelo Gallardo y Walter Silvani.
En el Monumental, Gallardo jugó los 90 minutos en su estreno oficial ya que el 30 de enero de ese año había disputado un amistoso ante San Lorenzo. Ese fue el comienzo de un exitoso paso del Muñeco como futbolista del club en donde disputó más de 300 partidos y anotó 70 goles en sus tres períodos: de 1993 a 1999, de 2003 a 2006 y de 2009 a 2010. A su vez conquistó 8 títulos: Torneo Apertura 1993, 1994, 1996 y 1997 ; Torneo Clausura 1997 y 2004; Copa Libertadores en 1996 y la Supercopa Sudamericana en 1997.
